El matrimonio entre Isabel de Castilla y Fernando de Aragón, en 1469, posibilitó la uníón de ambas coronas en la misma dinastía. Aunque las instituciones y el funcionamiento de cada reino siguieron siendo diferentes, la dirección política fue común a ambos, lo que permitíó obtener importantes logros 

tanto en el interior como en el exterior, donde los dos reinos fueron percibidos como un solo Estado.La integración de Castilla y Aragón bajo los Reyes Católicos no significó la creación de un Estado unido; por el contrario, ambos reinos permanecieron claramente diferenciados e incluso enfrentados en su manera de entender la política. Cada uno de ellos mantuvo sus propias instituciones, leyes, fueros, aduanas y fronteras, sin que las autoridades de un reino pudiesen intervenir en el otro.No se crea una unidad política y administrativa común de ambas, ya que las instituciones propias de la Corona de Aragón se mantienen en su totalidad. Las fronteras entre reinos obligan al pago de derechos sobre mercancías, las Cortes de los diferentes reinos se reúnen con independencia unas de otras. La moneda, las leyes e instituciones propias de cada reino permanecen diferenciadas.su funcionamiento interno, es una yuxtaposición de reinos. Los reyes no se proponen unificar institucionalmente Aragón con Castilla. Las funciones de cada uno quedaron claras en la “Concordia de Segovia”: Los Reyes Católicos convinieron aparecer juntos en monedas e inscripciones (primero Fernando, por ser el varón),aunqueCastilla figuraba siempre en primer lugar en títulos y escudos. Acordaron, además, que, en el caso de que Isabel falleciera antes, Fernando nunca sería rey de Castilla, sino que el trono lo ocuparían los hijos de ambos. De hecho así ocurríó a la muerte de Isabel en 1504 subíó al trono su hija Juana, acompañada de su marido, Felipe de Habsburgo. No obstante, la inestabilidad de Felipe en 1506 llevó a Fernando a proclamarse gobernador o regente Castilla hasta la mayoría de edad de su nieto, Carlos de Habsburgo, hijo de Juana y Felipe. Fernando volvíó incluso a casarse tras la muerte de Isabel, buscando un heredero para Aragón, pero el único hijo que nacíó no sobrevivíó. Estas circunstancias permitieron que Carlos heredase el patrimonio familiar.Se produce pues, la consolidación de una monarquía doble, que comparte propósitos comunes y unidad de acción en muchos campos. La diplomacia y el ejército de los reyes actuaban conjuntamente. Practican una política orientada a unir fuerzas y empiezan a perfilar un proyecto político y territorial destinado a la unificación política a largo plazo de sus reinos, en la persona de su heredero. La uníón dinástica entre ambos reinos fue desigual desde el primer momento, ya que Castilla era mucho más grande y tenía un mayor volumen de población, así como una economía en expansión y unas instituciones más homogéneas y útiles para el ejercicio sin trabas del poder monárquico. Parecía 

inevitable pues, que la construcción de un Estado sólido se cimentara, sobre todo, en el reino de Castilla. El reinado de Isabel y Fernando no fue rupturista, sino que continuó, en la medida en que fue posible, la política tanto de los Trastamara de Castilla como de los de Aragón. Todas las reformas irán encaminadas a la consolidación de una monarquía autoritaria, base de lo que ha sido denominado por los historiadores Estado Moderno, basado en la unidad territorial y cultural, fundamentalmente religiosa; con una fuerte burocracia, un ejército profesional al servicio de la corona, y un cuerpo diplomático que represente sus intereses en el exterior.Buscaron, así, centralizar el poder del Estado, encarnado en los monarcas, en detrimento del poder político de la nobleza y el clero, a quienes apartaron, en lo posible, de las esferas del poder. A cambio, les cedieron bastante poder económico y social, sobre todo con la consolidación jurídica y la extensión del Mayorazgo; ligándolos así, estrechamente a la corona. Con ello demostraban que la influencia de ambos estamentos procedía y dependía de la voluntad de los monarcas.  Para conseguir sus objetivos, Isabel y Fernando potenciaron instituciones ya existentes; y en muchos 

casos, las modificaron o les dieron un nuevo contenido. En el ámbito interior, Isabel y Fernando restablecieron el orden en sus reinos y los pacificaron, para lo cual, además de dominar a los estamentos privilegiados, comprendieron que era esencial que sus súbditos profesaran una misma fe religiosa, el catolicismo, por lo que suprimieron y persiguieron a todas las demás de una forma muy rigurosa. En 1492 expulsaron a los judíos que no se quisieron bautizar y el 1504 harían lo mismo con los mudéjares. Además, restablecieron la Inquisición para vigilar y mantener la pureza de la fe.