Durante todo el periodo, la oposición a la Dictadura se mantuvo activa, tanto dentro como fuera del país, si bien está fue adaptándose a las circunstancias y variando de estrategia. El Régimen se mantendría firme en su persecución, haciendo uso de todos los mecanismos del poder para eliminarla y negándose a establecer cualquier tipo de diálogo con ella. Mediante la Ley de Responsabilidades Políticas (1939) y la Ley de Represión de la Masonería y el Comunismo (1940), todos los actos de oposición al Régimen eran sometidos a la justicia militar, mucho más dura. En la Administración Pública, el Régimen llevó a cabo una depuración, la expulsión de miles de funcionarios sospechosos de republicanismo. En los 40 la oposición todavía manténía esperanzas de derrumbar el franquismo; el propio contexto internacional parecía favorable a ello (se había derrotado a los totalitarismos y parecía posible que las potencias extranjeras presionaran para derrocar el franquismo). Sin embargo, el inicio de la Guerra Fría y el apoyo brindado por los Estados Unidos al Régimen acabarían con estas ilusiones. Durante todo el franquismo se mantuvo un Gobierno Republicano en el exilio, el cual, sin embargo, tenía más bien una función reivindicativa y testimonial que práctica. La oposición externa e interna se vio mermada por los desacuerdos entre socialistas y comunistas y por el decaimiento del movimiento anarquista. En el interior destaca el papel del Maqui, partidas guerrilleras de opositores al régimen, que se alzaron en armas y que fueron duramente perseguidos por el franquismo. Quizás su acción más ambiciosa fue la ocupación del Valle de Arán, en 1944, promovida por el PCE, que resultó un fracaso. A partir de la década de los 50, destaca el papel jugado por el PCE (Partido Comunista) organización que con más eficacia opera tanto en la clandestinidad interior como en el exterior. En el interior, el PCE, operando desde la clandestinidad, estuvo detrás de muchos de los intentos de huelga que se dieron en el periodo. En el exilio, dirigentes como Santiago Carrillo apostarán por una política de reconciliación nacional, que busque la cooperación entre diferentes grupos de oposición. También podemos destacar la creación del Frente de Liberación Popular (formado fundamentalmente por liberales y socialistas) que tuvo un importante papel en las protestas del 56. El PSOE sin embargo no tuvo gran protagonismo durante los 50 y los 60. La mayoría de los líderes estaban en el exilio y el partido se hallaba dividido. Solo al final del franquismo, con la llegada de nuevos dirigentes como Felipe González o Alfonso Guerra, el PSOE experimentó un impulso, aunque su papel será mucho más destacado durante la Transición. En los 60 podemos destacar el Contubernio de Múnich, reuníón en el que participaron diversos grupos de oposición al franquismo (no los comunistas) y que también apostaban por un cambio de régimen. Por otro lado, el clima de relativo aperturismo de la década, permitíó que algunas organizaciones sindicales pudieran operar (entre otras cosas, porque se permitíó la negociación colectiva). De entre todas, destaca el papel de Comisiones Obreras, sindicato muy cercano al PCE, que mantuvo un papel muy activo en la organización de la oposición interna y en la promoción de huelgas y actividades contra el franquismo, lo cual generó una respuesta muy represiva por parte del Régimen. Los movimientos estudiantiles también fueron un importante foco de resistencia al franquismo, con movimientos como la Caputxinada del Sindicato Democrático de Estudiantes en Barcelona, o la creación de diversas asociaciones que poco a poco fueron desplazando al falangismo dentro de la Universidad. Cabe añadir también a una parte de los monárquicos, que se irán distanciando del franquismo y reuníéndose en torno a la figura de Don Juan de Borbón, el cual en un inicio había mostrado sus simpatías por el franquismo pero que se vio desplazado de la sucesión por su hijo Juan Carlos. En 1945, con la publicación del Manifiesto de Lausana, Don Juan rompía con el franquismo. Incluso una parte de la Iglesia Católica se pasará a la oposición, sobre todo al amparo del Concilio Vaticano II y de la renovación que éste supuso dentro de la Iglesia. Un sector democristiano, sobre todo en los años finales del franquismo, se uníó a los sectores de la oposición que demandaban la democratización del país. En los últimos años, cabe destacar el papel de los nacionalismos como foco de oposición al régimen. El catalanismo se reorganizó a partir de la Asamblea de Cataluña de 1971. El grupo más importante dentro de él era el de Uníó Democrática de Catalunya, encabezado por Jordi Pujol. Por lo que respecta al nacionalismo vasco, destacó el papel de la banda ETA, de inspiración nacionalista y marxista, que se decantará por la vía armada y por la práctica del terrorismo (el atentado más célebre será el que le costará la vida a Carrero Blanco) y que será muy perseguida por el franquismo (un ejemplo de ello son los célebres Procesos de Burgos iniciado en 1970, que fue duramente contestado por parte de la opinión pública internacional).
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